Edhe më shumë u ashpërsua zënka mes kryeministrit Hristijan Mickoski dhe ish anëtarëve të komisionit historik. Sipas historianëve, kryeministri ka përdorur deklarata të paargumentuara, akuzuese dhe ofenduese për punën e tyre duke i ndarë qytetarët në “mbrojtës” dhe “jo mbrojtës” të interesave kombëtare.
Mickoski u përgjigj se përveç kapitullimit, nuk kanë bërë asgjë tjetër.
Sipas historianëve komisioni u keqpërdor për qëllime partiake në Maqedoni dhe në Bullgari, andaj kërkuan që të përfshihen ekspertë ndërkombëtarë.
Kryeministri u pajtua me idenë për përfshirjen e ekspertëve por paralajmëroi përfshirje edhe të inspektorëve.
Kryetari i opozitës Venko Filipçe akuzoi për, siç tha, politizim të punës së komisionit dhe e përkrahu idenë për ekspertë ndërkombëtarë.
Sipas ish anëtarëve të komisionit, është injoruar ideja, që përmes shembujve pozitivë nga puna e komisioneve të këtilla në vendet europiane, të hiqen ndikimet ideologjike dhe nacionaliste në tekstet shkollore të historisë.