Kushtrim Ahmeti ka fituar zgjedhjet për rektor të Universitetit të Tetovës. Sipas rezultateve, kandidati Fehari Ramadani ka marrë 118 vota (35,44%), ndërsa rektori aktual, Jusuf Zejneli, ka fituar 17 vota (5%). Ahmeti ka deklaruar se synimi i tij është ndërtimi i një universiteti të bazuar në dije.
Në programin e tij, Ahmeti ka paralajmëruar angazhim për një universitet më të fortë, më të hapur dhe më konkurrues. Prioritetet e tij përfshijnë përmirësimin e cilësisë në arsim, zhvillimin e kërkimit shkencor, bashkëpunimin ndërkombëtar, mbështetjen e studentëve, digjitalizimin, menaxhimin e qëndrueshëm dhe forcimin e lidhjeve me komunitetin.
Me zgjedhjen e Kushtrim Ahmetit në krye të Universitetit të Tetovës, kjo është hera e dytë që ai merr drejtimin e institucionit, pasi paraprakisht para zgjedhjes së Jusuf Zejnelit, ishte ushtrues detyre, rektor i UT-së. Që nga themelimi i universitetit në vitin 1994, UT-ja është udhëhequr nga nëntë rektorë, përfshirë edhe ushtruesit e detyrës. Rektori i parë ishte Fadil Sulejmani, i cili e drejtoi universitetin nga viti 1995 deri në vitin 2003, ndërsa pas tij këtë post e kanë mbajtur Ramiz Abdyli, Nexhbedin Beadini, Sadi Bexheti, Agron Reka, Vullnet Ameti, Reshat Qahili, Kushtrim Ahmeti (u.d.) dhe Jusuf Zejneli.