Vardari e nisi me humbje edhe aventurën në UEFA Conference League. Skuadra nga Shkupi u mposht 2:3 në shtëpi nga FC Riga e Letonisë, në ndeshjen e parë të raundit kualifikues. Për Vardarin shënuan Diego Castaneda në minutën e 28-të dhe Gerson Rodrigues në të 66-ën, ndërsa fitoren e mysafirëve e vulosi Iago Siqueira me dy gola (39’, 81’) dhe Orlando Galo (35’). Ndeshja e kthimit do të përcaktojë skuadrën që avancon në raundin e ardhshëm.
Paraprakisht Vardari u eliminua nga Liga e Kampionëve që në ndeshjen e parë.